斗六門在三百年前明鄭時期，屬天興州管轄(原稱天興縣，鄭經主政時，政東都府為東寧府後，天興縣改稱天興州)，清領台灣之後，改東寧府為台灣府(隸屬福建省)，斗六門歸劃諸羅縣(那時後的諸羅縣面積甚廣，包括曾文溪以北至雞龍所有地區，雍元正年行政區域重劃後，轄地乃止於虎尾溪以南)，此後二百零三年之間，均未改隸(乾龍五十三年，清廷下詔，褒諸羅居民抗拒林爽文革命，而將諸羅改稱嘉義，沿名至今)。
光緒十三年，台灣建省，斗六門歸劃入雲林縣轄，仍隸屬於台灣府(當時台灣省設台灣，台南，台北三府和台東直隸州，台灣府只隸苗栗，彰化，台灣，雲林四縣和埔里社廳而以已)，斗六門堡地名改稱斗六堡。
日寇竊據台灣五十年間，為了消除先民的民族意識和地域觀念，全台行政區域竟作了十次以上的攪和性改格，斗六門隸屬變動甚大，茲依先後列如下 ：
雲林出張所轄下一年
雲林支廳轄下一年
台中縣轄下三年
斗六廳轄下八年
嘉義廳轄下十一年
台南州轄下二十五年
斗六門在各時期行政地位的等級變化甚大，依史料所示，乾隆二十六年(公元一七六一年)設斗六堡巡檢，初任章誠(浙江會稽人)，九月到認，乾隆五十三年(公元一七八八年)諸羅改稱嘉義後，廢巡檢改稱斗六門分縣，設縣丞，首認章玉植(江南石埭人)，道光二十三年中(公元一八四三年)開始，嘉義縣斗六門縣丞兼彰化斗六門縣丞，兼治虎尾溪北岸臨近數堡，初兼是十四任縣丞婁浩，到了 光緒十三年(公元一八八七年)台灣改設雲林縣時，縣治置於林圮埔(今竹山鎮)，因此斗六門縣丞於次年裁撤，末任，(第二十四任)縣丞是史齡，雲林縣首任知縣是陳世烈(號竺軒，光緒十四年四月十日，以雲林撫墾局委員署任)。(註 ： 陳世烈於光緒十二年四月駐斗六)斗六正是成為縣治，是在清光緒十九年，(公元一八九三年)，雲林縣地第五任知縣李銓奉命將縣治遷於斗六堡時開始的，時間在八月份，光緒二十一年十月，日寇武力佔領後淪陷，縣治的歷史記錄，只是二年零二個月而已，末任(第八任)知縣是監生羅汝澤(湖北鐘詳人)，在光緒二十一年五月，由抗拒日寇佔領的「台灣民主國」 派任的，只有五個月的任期，臨危受命，倍嘗艱辛，彰化陷於日寇後，遂歸大陸故鄉，由李品三代理知縣。
清代民間流行天地會的「反清復明」組織，「倒滿興漢」的意識熾烈，所以凡縣治的所在地，均築城牆以反清革命。
斗六堡在光緒十九年升格為縣治時，就計劃建署衙和縣城，十月份第六任知縣程森上任後，立刻捐建縣署，第二年(光緒二十年)四月，成立雲林城工局，著手築城，勉強築了一道坋土城牆，周圍長一千一百六十丈(約四千公尺左右)，高五尺，寬八尺，外植刺竹，只闢東南西北四城門和城郊交通，刺竹外掘環城池溝，壕深七尺，廣八尺，城的中心位置大約是在福得廟(土地公廟，位在太平路的成功路口)， 城的東南是雲林溪環流，兩岸刺竹成叢，城北溪流錯綜，地形複雜，且有沼澤。
別小看這一垣五尺矮土城，它在光緒二十一年十月，先民抗拒日寇佔領時，曾發揮了顯著的障敵功能，使入侵的日寇屍體，填平了城北溝壑，土城的遺址，現在唯一可佐證的， 只留下沿著雲林溪向東延伸的城頂街，附近還可以找到一線斷續的寬溝，發人省思。