行政院農業委員會表示，針對該會動植物防疫檢疫局將行政院海洋委員會海巡署(海巡署)查獲之漁船走私154隻貓隻予以人道處置引起民眾關切，就相關法規再次提出說明。為防杜狂犬病入侵，自國外輸入之犬貓，須依據動物傳染病防治條例（動傳條例）第33條授權訂定之犬貓之輸入檢疫條件規定，來自疫區者需先完成狂犬病預防注射及採血檢測狂犬病中和抗體力價均符合規定，輸入後還需於指定場所隔離檢疫7日，檢疫合格始能輸入我國，過程嚴謹，為民眾及動物安全把關。反觀走私貓隻未植入晶片、未施打狂犬病疫苗及未檢測抗體力價且來源不明，引入疫病風險極高，依動傳條例第34條第1項及第34條之2第2項第4款授權及獸醫專業，我國一直以來對於走私活動物均採高規格防疫態度，嚴加把關。
農委會說，依據動傳條例第34條第1項規定，應施檢疫物之輸入人或其代理人，應於應施檢疫物到達港、站時，向輸出入動物檢疫機關申請檢疫，並繳驗輸出國檢疫機關發給之動物檢疫證明書。輸入應實施隔離檢疫之動物，還需依第34條之1第1項規定，先向防檢局請准排妥動物隔離場所或其他指定場所後始得輸入。第34條之2第1項第1款則規定，未依規定繳驗動物檢疫證明書者，得按其情節，為第2項第1款至第4款必要之處置。走私動物來源不明，且未依檢疫條件規定做好輸出前檢疫，亦無來源國動物檢疫證明書，引入疫病風險最高，依據動傳條例授權及獸醫專業，應採第4款即應將動物逕予退運或撲殺銷燬，又因走私動物無法退運，因此依法只有銷燬一途。至於檢疫不合格之動植物產品銷燬處理係依據「走私進口農產品處理要點」第3點至第5點規定及「走私沒入動物及其產品處理作業程序」辦理，於法並無疑義，對於民眾的不捨，農委會對逝去的無辜154隻貓隻生命同感惋惜，但也要告訴大家，此舉實屬萬不得已之做法，希望民眾理解。
農委會表示，海巡署、財政部關務署及農委會防檢局一直以來均站在邊境第一線為民眾及農業生產環境安全堅守崗位把關，做到滴水不漏，不負國人所託。近10年來查緝機關緝獲活動物種類包含鸚鵡、鴿子、畫眉鳥、綠繡眼、犬、貓、貂、黃鼠、蜜袋鼯、花栗鼠、赤尾松鼠、沙鼠、粟鼠、跳兔、八齒鼠、狐獴及黃金鼠等各類活體動物，前述動物於查獲後均應前述相關規定妥善人道處置，與本次走私貓事件並無不同。農委會說，本次涉案船長一行人為謀私利，不顧全民及動物健康安全鋌而走險，走私歷年少見大量貓隻，讓無辜的動物須遭依法處置，並傷害社會大眾愛護動物的感情，實罪無可赦，應受法律最嚴格制裁。農委會再度呼籲全民防疫，不要助長走私歪風，支持政府為全民健康福祉把關的決心，並為第一線日夜辛苦的同仁加油打氣。
農委會最後呼籲，農委會將盡全力與海巡署合作，配合高雄地方檢察署依懲治走私條例及動物傳染病防治條例等相關規定，將本次涉案船長一行人予以重懲，撤銷該船漁業執照、船長執業證書及船員手冊，給社會大眾公正的交代。後續將建議修改懲治走私條例加重罰責，並強制規定販售寵物須出具相關證明，且鼓勵領養代替購買，以避免有利可圖之不法行為。